Το χερσαίο γεωλογικό υπόστρωμα των περιοχών δράσης αποτελείται από διάφορους τύπους σχιστόλιθου, ενώ ασβεστολιθικό υπόστρωμα έχει βρεθεί μόνο σε λίγες περιοχές. Η ύπαρξη μη-ασβεστολιθικών υποστρωμάτων αποτελεί τη βασική αιτία για τις συγκριτικά υγρές συνθήκες σε μεγάλα κομμάτια της περιοχής. Τα υψηλά επίπεδα τοπικών κατακρημνισμάτων και υγρασίας προκαλούνται επίσης από τη ΒΑ-ΝΔ θέση του νησιού και τα σχετικά ψηλά βουνά του.
Η ύπαρξη επικρατούντων βόρειων ανέμων (κυρίως κατά τη διάρκεια των καλοκαιρινών μηνών) σε συνδυασμό με τη σχετικά υψηλή υγρασία αέρα, προκαλεί το συχνό σχηματισμό σύννεφων πάνω από το όρος Κουβαρά (990 μ). Μόνο οι πεδιάδες που βρίσκονται μακριά από ορεινούς όγκους παρουσιάζουν περίοδο υψηλής ξηρασίας το καλοκαίρι και πρόωρη φθινοπωρινή περίοδο, δηλαδή φαινόμενα τυπικά του Κυκλαδίτικου κλίματος. Οι ορεινές πεδιάδες και οι βορεινές πλευρές των βουνών μπορούν να χαρακτηριστούν υγρές και πράσινες κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού αποτελούμενες από αρκετούς μικρούς ποταμούς και ρυάκια με σταθερή ροή. Αυτό αποδεικνύεται και από την ύπαρξη νεροχελωνών, καβουριών των γλυκών νερών, νερόφιδων (Natrix natrix), χελιών και μικρών ψαριών καθώς και μεγάλου αριθμού ασπόνδυλων. Κατά συνέπεια, υπάρχει υψηλή ποικιλότητα τύπων οικοτόπου και βιοτόπων με πιο σημαντικό τα αλλουβιακά δάση σκλήθρου (91E0*).
Η ευρύτερη χερσαία περιοχή του προγράμματος καλύπτεται επίσης από φρύγανα και βραχώδη τμήματα, ενώ υπάρχουν επίσης ρεματιές, εποχιακά ρέματα, λίμνες και υγρότοποι. Ένα μεγάλο μέρος της περιοχής καλύπτεται από φρύγανα του είδους Sarcopoterium spinosum (5420), τα οποία χαρακτηρίζονται από την παρουσία ξηροφυτικών θάμνων όπως είναι οι θάμνοι των ειδών Genista acanthoclada, Satureja thymbra, Erica manipuliflora, Cistus salviifolius. Τα πυριτικά βραχώδη πρανή με χασμοφυτική βλάστηση (8220) αποτελούν τον τυπικό τύπο οικοτόπου στις άφθονες βραχώδεις εξάρσεις της περιοχής. Αυτός ο τύπος βιοτόπου είναι πλούσιος σε ενδημικά χλωριδικά στοιχεία όπως είναι τα είδη Campanula sartorii, Erysimum senoneri ssp. senoneri, κ.α. Η δασική βλάστηση περιορίζεται κυρίως σε κοιλάδες και πλαγίες βουνών, με περιορισμένα σημεία εξάπλωσης Quercus ilex και Q. pubescens σε υγρές περιοχές, ενώ σημεία εξάπλωσης Q. coccifera (934Α) και Quercus macrolepis, εντοπίζονται σε ξηρές ζώνες της περιοχής. Κατά μήκος των κύριων ρεμάτων της περιοχής εντοπίζονται δάση του είδους Platanus orientalis (92C0) και νότια παρόχθια δάση-στοές και λόχμες (Nerio–Tamaricetea) (92D0). Οι αλλουβιακές αποθέσεις καλύπτονται από το τύπο οικοτόπου ενδιαφέροντος, δηλαδή τα αλλουβιακά δάση με A. glutinosa (Alno–Padion, Alnion incanae, Salicion albae) (91E0*), από καλαμιώνες, ποταμούς από πεδινά σε ορεινά επίπεδα με βλάστηση Callitricho–Batrachion (3260) και Μεσογειακούς λειμώνες με υψηλές πόες από Molinio–Holoschoenion (6420). Σε μικρές αποθέσεις αλλουβιακών κατά μήκος των κύριων ρεμάτων της περιοχής, εμφανίζονται επίσης θέσεις εξάπλωσης της A. glutinosa σε συνδυασμό με P. orientalis, Fraxinus ornus, Laurus nobilis, Myrtus communis, κ.α. Η περιοχή φιλοξενεί επίσης είδη πουλιών όπως ο Σπιζαετός (Aquila fasciata) (2-3 ζευγάρια) και ο Πετρίτης (Falco peregrinus) (2 ζευγάρια) τα οποία αποτελούν μόνιμους κάτοικους που εμφανίζονται σε απότομες πλαγιές και χαράδρες.
Η ακτογραμμή της περιοχής είναι κυρίως βραχώδης και αποτελείται από έντονα αποσαρθρωμένα μεταμορφικά πετρώματα (σχιστόλιθους), σχηματίζοντας διαβρωμένες ακτές διακοπτόμενες από αμμώδεις παραλίες με ρηχά νερά. Αρκετά ρέματα με ροή καθ’όλη τη διάρκεια του έτους ρέουν στην περιοχή διαμορφώνοντας μικρούς παράκτιους υγροτόπους. Οι γύρω νησίδες είναι γενικά χαμηλού υψομέτρου επίπεδες με ήπιο ανάγλυφο. Οι βραχώδεις ακτές της περιοχής καλύπτονται από κοινότητες αλλόφυτων (1240) και φρύγανα, ενώ υποτυπώδεις κινούμενες θίνες (2110) και Malcolmietalia θίνες με λειμώνες (2230) εμφανίζονται κυρίως στις αμμώδεις παραλίες. Οι βραχώδεις ακτές και οι 16 γειτονικές ακατοίκητες νησίδες είναι πολύ σημαντικές περιοχές φωλιάσματος για τον Θαλασσοκόρακα, τον Αιγαιόγλαρο και τον Μαυροπετρίτη. Τα εκτεταμένα βραχώδη τμήματα της ακτογραμμής της Άνδρου τα οποία περιλαμβάνουν πολυάριθμες μερικώς ή πλήρως βυθισμένες θαλάσσιες σπηλιές (8330*) και οι οποίες είναι υψίστης σημασίας για τη Μεσογειακή Φώκια, ειδικά ως θέσεις αναπαραγωγής και ανάπαυσης.
Είναι επίσης αξιοσημείωτο ότι οι ανθρώπινες δραστηριότητες στην περιοχή δεν έχουν τις συνήθεις δυσμενείς επιπτώσεις που έχουν σε άλλα ελληνικά νησιά με μεγαλύτερη τουριστική ανάπτυξη. Κύριες απειλές αποτελούν η κατασκευή δρόμων και η επέκταση των οικισμών, η συγκομιδή των απορριμμάτων, η καταστροφή των υγροτόπων, η υπερβόσκηση, οι έντονες πλημμύρες σε ποταμούς και ρυάκια (εντατικοποίηση σε μέγεθος και συχνότητα λόγω πρόσφατων πυρκαγιών), η εγκατάλειψη των παραδοσιακών δραστηριοτήτων γεωργίας και κτηνοτροφίας και (πιο πρόσφατα) η πιθανή κατασκευή αιολικών πάρκων και των σχετικών εγκαταστάσεων ηλεκτροδότησης. Επιπλέον, η διάβρωση του εδάφους επηρεάζει σημαντικά τον υδρολογικό κύκλο της περιοχής και τους άμεσα επηρεαζόμενους τύπους οικοτόπων.