Μεγάλο μέρος της Άνδρου, καθώς και της θαλάσσιας ζώνης που το περιβάλλει, έχει ιδιαίτερη αξία για τη βιοποικιλότητα όχι μόνο σε τοπικό και εθνικό, αλλά και σε ευρωπαϊκό επίπεδο, και έχει ενταχθεί στο δίκτυο Natura 2000. Έχουν θεσπιστεί τρεις περιοχές Natura 2000 για την προστασία των ιδιαίτερων χαρακτηριστικών της Άνδρου και των προστατευόμενων ειδών και οικοτόπων που φιλοξενεί. Μεταξύ αυτών είναι: Τα εκτεταμένα λιβάδια Ποσειδωνίας κατά μήκος όλης της ακτογραμμής της σε βάθη από 5 έως 40 μέτρα, καθώς και οι πλούσιοι σε βιοποικιλότητα κοραλλιογενείς σχηματισμοί σε μεγαλύτερα βάθη, Η Μεσογειακή φώκια (Monachus monachus), που αποτελεί ένα από τα πλέον απειλούμενα είδη θαλάσσιων θηλαστικών στην Ευρώπη, Τα προστατευόμενα είδη πουλιών, με σημαντικότερα από αυτά να είναι ο Μαυροπετρίτης (Falco eleonorae), ο Θαλασσοκόρακας (Phalacrocorax aristotelis), ο Αιγαιόγλαρος (Larus audouinii) και…