Η σημασία της Άνδρου για τη βιοποικιλότητα εκδηλώνεται μέσα από την ύπαρξη τριών ενταγμένων στο δίκτυο Natura 2000 περιοχών:
- Ζώνη Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ): «Άνδρος: Κεντρικό και νότιο τμήμα, γύρω νησίδες και παράκτια Θαλάσσια Ζώνη» (GR4220028),
- Ειδική Ζώνη Διατήρησης (ΕΖΔ): «Άνδρος: Όρμος Βιτάλι και Κεντρικός Ορεινός Όγκος» (GR4220001), και
- Τόπος κοινοτικού Ενδιαφέροντος (πΤΚΕ): «Θαλάσσια Ζώνη Άνδρου» (GR4220035)
Η τελευταία περιοχή χαρακτηρίστηκε στα τέλη του 2017 (Κοινή Υπουργική Απόφαση 50743/2017 – ΦΕΚ 4432/B/15-12-2017).
Η περιοχή δράσης του έργου εμπεριέχει το σύνολο των περιοχών ΖΕΠ GR4220028 και ΕΖΔ GR4220001, ενώ υπάρχει μερική αλληλοεπικάλυψη με τον νέο πΤΚΕ GR4220035, καλύπτοντας το 40% της χερσαίας έκτασης της Άνδρου και 70 χλμ2 της θαλάσσιας περιοχής που διαβρέχει το νησί.